正确的实验技巧是成功的荧光定量PCR反应重要然而常被忽视的要素。为得到最佳的实验结果，实验人员要尽可能减少样品间交叉污染的可能，避免将核酸从一个实验带入下一个实验。

以下措施有助于避免实验污染问题：

1.用稀释的漂白剂或净化剂抹擦工作台

2.在指定地配有紫外灯的超净室、罩式或台式超净台中准备样品，理想的条件是样品准备与PCR扩增分开在不同的区域，注意避免质粒或扩增子污染样品准备区，绝不要将扩增后产物带入指定洁净区

3.在样品准备和配制反应液过程中勤换手套

4.使用轴防护装置的移液器和带滤芯的移液器头

5.勤用稀释的漂白剂清洁移液器

6.只使用PCR级的水和PCR专用试剂进行PCR实验

7.用带旋盖的EP管稀释和配制反应液

注意：

在进行PCR实验时，还应准备一个无模板的对照来验证有无污染发生，而且用热启动酶防止反应开始之前的非特异性扩增。

为最小化实验结果的统计学偏差，先制备混合反应液，建议所有样本有三个重复。

大剂量包装的反应试剂，使用前进行分装，尽量减少试剂的反复冻融。