细胞转染技术是采用一定的方法和途径将外源核酸分子如 DNA、RNA 等导入特定的细胞并表达目的基因，产生特定功能的蛋白质分子。

首先，不同种类的细胞本身在转染效率上的差距就很大，比如贴壁细胞和悬浮细胞之间转染差距就很显着，天生趋于悬浮的细胞就难以转染。因为这两种不同状态的细胞浆膜结构不一样，可能导致了某些细胞类型天生的难以转染，所以寻找高效的转染试剂应对这类型细胞就显得尤为重要。

细胞在不同分裂期，摄取并表达外源 DNA 的能力也有显着性差异。因此选择合适的培养状态的细胞对转染也有着不小的影响，此外还常用一些促有丝分裂刺激物（条件培养基，生长因子，滋养细胞）来活化原代培养细胞。

细胞在冻存复苏后一到两代或直到它们完全复苏之前都是很难转染的，但是传代次数过多，对于转染而言，在不同细胞系中表现出来的差异也很大。有些细胞系传代很多次还能够保证很高的转染效率，而其他一些细胞系则传代很少次数转染效率就有显着差异。

因为有些细胞系是不稳定的，可能随着培养时间的改变，培养条件的不同，不同的选择压力，可能引起不同的克隆选择。因此就算是同一个细胞系，在不同条件下转染能力的差异可能会很大。

首先要保证所转染核酸的正确性和完整性，超螺旋结构和舒展结构之间比例、双螺旋中断、核酸酶的降解，以及来自于储存和处理过程中的物理压力和污染物（如内毒素等）都会影响到转染效率。

其次是载体构造，如启动子、增强子、Ori 等。转染体系中一般都带有强病毒调节元件 （如 RSV、CMV 和 SV40）的对照载体进行优化和比较。然而，病毒启动子、增强子体系的相对有效性在不同细胞系间的差异可大到两个数量级。例如，在某些细胞系中，由于自发的质粒扩增，SV40 体系可高效表达 large T 抗原 （如，COS）；而在其他许多细胞系中，则是 CMV 启动子更为有效。除此之外，各种 CMV 载体的表达率也会有超过一个数量级的差异，这部分是由于载体中其他调节元件所引起的。所以选择适当的载体结构，对转染成功起到非常重要的作用。

转染试剂/DNA配比，离子强度，pH值等因素都有可能影响到转染效率。应该注意的是，一般情况下要求在不含血清或者其他蛋白的培养基中制备转染复合物，因为它们会对转染产生抑制效果。

制备转染复合物的最佳孵育时间，不同转染试剂之间的差别非常巨大，但是这是非常关键的一个环节,直接影响到转染复合物制备的质量，所以应该严格按照说明书上的孵育时间进行。

导致实验失败的还有很大一部分原因是因为污染问题，包括 DNA污染，细菌、真菌、病毒、支原体等微生物污染，和不同实验之前的不同细胞的交叉污染。养成良好的实验习惯，时刻注意污染源存在，谨防实验材料和污染源接触，建立严格的细胞系鉴定标准，才能尽可能的杜绝污染问题导致的实验损失。